Španielsko, Portugalsko a pápežský stolec už predtým riešili, komu pripadnú novonájdené územia. V roku 1455 pápež Mikuláš V. udelil Portugalcom výlučné právo prebádať územie pozdĺž afrického pobrežia Atlantického oceánu a vyhlásiť za svoje všetko, čo objavia. Na základe Alcáçovaskej zmluvy, uzavretej v roku 1479, sa portugalský kráľ Alfonz V. Afričan spolu so synom Jánom vzdali Kanárskych ostrovov v prospech španielskych monarchov Ferdinanda a Izabely I. Kastílskej. Na odplatu Španielsko uznalo Portugalsku monopol na obchodovanie v Afrike a nadvládu nad Azorskými a Kapverdskými ostrovmi a Madeirou. O dva roky neskôr pápež Sixtus IV. túto zmluvu opätovne potvrdil a uviedol, že všetky nové územia na juh a na východ od Kanárskych ostrovov budú patriť Portugalsku.

No princ Ján, ktorý sa medzičasom stal portugalským kráľom Jánom II., vyhlásil, že územie, ktoré Kolumbus objavil, patrí Portugalsku. Keďže Španielsko by vyšlo naprázdno, obrátilo sa na nového pápeža Alexandra VI. so žiadosťou o právo kolonizovať územia objavené Kolumbom a pokresťančovať ich.

 Alexander VI. následne vydal tri dekréty. V prvom „ako zástupca Všemohúceho Boha“ udelil nové územia do výlučného a trvalého vlastníctva Španielska. V druhom vyznačil hranicu, ktorá sa tiahla zo severu na juh asi 560 kilometrov západne od Kapverdských ostrovov. Všetky dovtedy objavené územia na západ od tejto hranice i tie, ktoré ešte budú objavené, mali podľa Alexandra patriť Španielsku. Jediným ťahom pera pápež rozdelil kontinenty. Tretí dekrét si Španieli mohli vysvetliť tak, že ich vplyv sa rozšíril na východ až po Indiu. To, samozrejme, rozzúrilo portugalského kráľa Jána II., ktorého flotily už oboplávali južný cíp Afriky, čím Portugalsko získalo vplyv aj v Indickom oceáne.

Ján II., znechutený Alexandrom VI., * sa rozhodol vyjednávať priamo s Ferdinandom a Izabelou. Historik William Bernstein napísal: „Španielski monarchovia sa krutých Portugalcov obávali, a keďže boli dostatočne zamestnaní zaberaním Nového sveta, ochotne prijali návrh na rozumný kompromis.“ A tak v roku 1494 vznikla nová zmluva, ktorá dostala meno podľa mesta Tordesillas, kde bola podpísaná.

Tordesillaská zmluva posunula hranicu, ktorú určil Alexander VI., o 1 480 kilometrov na západ. Portugalci boli presvedčení, že vďaka tomu bude celá Afrika a Ázia patriť im a Nový svet Španielom. Tento posun však znamenal, že veľká časť vtedy ešte neobjaveného územia, dnes známeho ako Brazília, sa dostala pod portugalskú nadvládu.

Pápežské dekréty, ktoré Španielsko a Portugalsko oprávňovali zabrať novonadobudnuté územia a brániť si ich, spôsobili mnoho krviprelievania. Tieto dekréty nielenže ignorovali práva miestnych obyvateľov — ktorých si dobyvatelia podrobili a ktorých vykorisťovali —, ale rozpútali aj stáročia bojov o moc a o slobodu.